Jurnal Internasional Sebuah studi metagenomik virus DNA dari sampel varietas lokal kacang umum di Kenya

Download Jurnal Disini

Kacang biasa (Phaseolus vulgaris L.) adalah sumber utama protein dan nutrisi di sebagian besar rumah tangga di Afrika sub-Sahara. Namun, hama dan penyakit virus adalah pendorong utama dalam pengurangan produksi kacang. Sampai saat ini, sebagian besar virus yang dilaporkan dalam kacang adalah virus RNA. Dalam studi ini, kami melakukan analisis metagenomik virus pada tanaman kacang gejala virus. Jalur pendeteksian virus kami mengidentifikasi tiga fragmen virus dari virus DNA double-stranded Pelargonium vein banding virus (PVBV) (famili, Caulimoviridae, genus Badnavirus). Ini adalah laporan pertama dari virus dsDNA dan khususnya PVBV dalam legum yang kami ketahui. Selain itu, dua virus + ssRNA yang dilaporkan sebelumnya adalah virus nekrosis mosaik umum (BCMNVA) (Potyviridae) dan virus kelumpuhan kutu mematikan (ALPV) (Dicistroviridae) diidentifikasi. Analisis filogenetik Bayesian tentang Badnavirus (PVBV) menggunakan sekuens asam amino RT / RNA-dependent DNA polymerase menunjukkan urutan Kenya (SRF019_MK014483) sangat cocok dengan dua virus Badnavirus: Dracaena mottle virus (DrMV) (YP_610965) dan Lucky bamboo virus bacilliform (ABR01170). Analisis filogenetik BCMNVA didasarkan pada urutan asam amino wilayah Nib. Pohon filogenetik BCMNVA menyelesaikan dua clades yang diidentifikasi sebagai clade (I dan II). Urutan dari penelitian ini SRF35_MK014482, dikelompokkan dalam clade I dengan urutan Kenya lainnya. Sebaliknya, analisis filogenetik Bayesian tentang ALPV didasarkan pada urutan nukleotida dari gen protein hipotetis 1 dan 2. Tiga clade utama diselesaikan dan diidentifikasi sebagai clade I-III. Urutan Kenya dari penelitian ini (SRF35_MK014481) berkerumun dalam clade II, dan bersarang dalam sub-clade; terdiri dari urutan dari Cina dan urutan ALPV sebelumnya dari Kenya yang diisolasi dari jagung (MF458892). Temuan kami mendukung penggunaan metagenomics virus untuk mengungkapkan virus yang baru lahir, keanekaragaman virus dan sejarah evolusi dari virus ini. Deteksi ALPV dan PVBV menunjukkan bahwa virus ini kemungkinan tidak dilaporkan karena tidak tersedianya alat diagnostik.

Download Jurnal Disini
Jurnal

Sebuah studi metagenomik virus DNA dari sampel varietas lokal kacang umum di Kenya