Jurnal Internasional RIP-MD: alat untuk mempelajari jaringan interaksi residu dalam dinamika molekuler protein

Download Jurnal Disini

Struktur protein tidak statis; residu mengalami penataan ulang konformasi dan, dalam melakukannya, menciptakan, menstabilkan atau merusak interaksi non-kovalen. Molecular dynamics (MD) adalah teknik yang digunakan untuk mensimulasikan gerakan-gerakan ini dengan resolusi atom. Namun, mengingat sifat data-intensif teknik, mengumpulkan informasi yang relevan dari simulasi MD adalah proses yang kompleks dan memakan waktu yang membutuhkan beberapa alat komputasi untuk melakukan analisis ini. Di antara berbagai pendekatan, studi jaringan interaksi residu (RIN) telah terbukti memfasilitasi studi struktur protein. Dalam RIN, node mewakili residu asam amino dan hubungan antara mereka menggambarkan interaksi non-kovalen. Di sini, kami menggambarkan jaringan interaksi residu dalam dinamika molekuler protein (RIP-MD), sebuah plugin dinamika molekuler visual (VMD) untuk memfasilitasi studi RIN menggunakan lintasan yang diperoleh dari simulasi MD protein. Perangkat lunak kami menghasilkan RIN dari file lintasan MD. Interaksi non-kovalen yang didefinisikan oleh RIP-MD termasuk ikatan-H, jembatan garam, VdWs, kation-π, π – π, Arginine-Arginine, dan interaksi Coulomb. Selain itu, RIP-MD juga menghitung interaksi berdasarkan jarak antara Cα dan jembatan disulfida. Hasil analisis ditunjukkan dalam antarmuka yang ramah pengguna. Selain itu, pengguna dapat mengambil keuntungan dari kapasitas visualisasi VMD, dimana melalui beberapa langkah mudah, adalah mungkin untuk memilih dan memvisualisasikan interaksi yang dijelaskan untuk satu, beberapa atau semua residu dalam lintasan MD. Jaringan dan file tabel deskriptif juga dihasilkan, memungkinkan studi lebih lanjut di platform khusus lainnya. Metode kami ditulis dengan python secara paralel. Karakteristik ini memungkinkan analisis sistem besar yang tidak dapat ditangani sebaliknya. RIP-MD tersedia di http://www.dlab.cl/ripmd.

Download Jurnal Disini
Jurnal

RIP-MD: alat untuk mempelajari jaringan interaksi residu dalam dinamika molekuler protein

Leave a reply "Jurnal Internasional RIP-MD: alat untuk mempelajari jaringan interaksi residu dalam dinamika molekuler protein"

Author: 
    author