Jurnal Internasional Penetapan ekspresi ekspresi 12-gen untuk memprediksi prognosis kanker usus besar

Download Jurnal Disini

Tandatangan ekspresi gen yang kuat dan akurat sangat penting untuk membantu ahli onkologi untuk menentukan bagian mana dari pasien pada stadium Tumor-Limfa Node-Metastasis (TNM) yang sama yang memiliki risiko rekurensi tinggi dan dapat memperoleh manfaat dari terapi adjuvan. Di sini kami menerapkan metode pembelajaran mesin yang diawasi dua langkah dan membuat tanda tangan ekspresi gen 12 untuk memprediksi secara tepat proenosis kolon adenokarsinoma (COAD) dengan menggunakan data transkriptome COAD RNA-seq dari The Cancer Genome Atlas (TCGA). Kinerja prediktif dari tanda 12-gen divalidasi dengan dua ekspresi gen independen microarray dataset: GSE39582 termasuk 566 COAD kasus untuk pengembangan enam subtipe molekul dengan karakteristik klinis, molekul dan kelangsungan hidup yang berbeda; GSE17538 adalah kumpulan data yang berisi 232 pasien kanker usus untuk pembentukan profil ekspresi gen metastasis untuk memprediksi kekambuhan dan kematian pada pasien COAD. Tanda tangan secara efektif dapat memisahkan pasien prognosis yang buruk dari kelompok prognosis yang baik (kelangsungan hidup spesifik penyakit (DSS): Kaplan Meier (KM) Peringkat Log p = 0,0034; kelangsungan hidup secara keseluruhan (OS): KM Log Rank p = 0,0336) di GSE17538. Untuk pasien dengan sistem perbaikan mismatch mahir (pMMR) di GSE39582, tanda tangan juga dapat secara efektif membedakan kelompok risiko tinggi dari kelompok risiko rendah (OS: KM Log Rank p = 0,005; Relapse survival bebas (RFS): KM Log Rank p = 0,022) . Menariknya, pasien stadium lanjut secara signifikan diperkaya dalam kelompok skor tinggi 12-gen (uji eksak Fisher p = 0,0003). Setelah tahap stratifikasi, tanda tangan masih bisa membedakan pasien prognosis buruk di GSE17538 dari prognosis yang baik dalam tahap II (Log Rank p = 0,01) dan tahap II & III (Log Rank p = 0,017) dalam hasil DFS. Pada pasien PMMR stadium III atau II / III yang diobati dengan Adjuvant Chemotherapies (ACT) dan pasien dengan skor 12-gen yang lebih tinggi menunjukkan prognosis yang lebih buruk (III, OS: KM Log Rank p = 0,046; III & II, OS: KM Log Rank p = 0,041). Di antara pasien PMMR stadium II / III dengan skor 12-gen yang lebih rendah di GSE39582, subkelompok yang menerima ACT menunjukkan waktu OS yang lebih lama secara signifikan dibandingkan dengan mereka yang tidak menerima ACT (Log Rank p = 0,021), sementara tidak ada perbedaan yang jelas antara rekan-rekan di antara pasien dengan skor 12-gen yang lebih tinggi (Peringkat Log p = 0,12). Selain COAD, tanda 12-gen kami multifungsi dalam beberapa jenis kanker lainnya termasuk kanker ginjal, kanker paru-paru, uveal dan melanoma kulit, kanker otak, dan kanker pankreas. Klasifikasi fungsional menunjukkan bahwa tujuh dari dua belas gen terlibat dalam fungsi dan regulasi sistem kekebalan tubuh, sehingga tanda 12-gen kami berpotensi digunakan untuk memandu keputusan tentang terapi adjuvan untuk pasien dengan stadium II / III dan pMMR COAD.

Download Jurnal Disini
Jurnal

Penetapan ekspresi ekspresi 12-gen untuk memprediksi prognosis kanker usus besar