Jurnal Internasional Metabarcoding mengungkapkan keanekaragaman Phytophthora spp yang terkait dengan kayu. di tanah di taman-taman umum dan hutan rimba di Inggris

Download Jurnal Disini

Hutan dan hutan di seluruh dunia sedang sangat dipengaruhi oleh spesies Phytophthora invasif, dengan wabah awal dalam beberapa kasus terjadi pada pohon inang yang terletak di taman dan kebun umum. Situs yang sangat terganggu ini dengan beragam praktik penanaman mungkin bertindak sebagai pelabuhan bagi patogen Phytophthora invasif yang secara khusus beradaptasi dengan baik untuk bertahan hidup di tanah. Urutan tinggi throughput Illumina digunakan untuk menganalisis keanekaragaman spesies Phytophthora dalam sampel tanah yang dikumpulkan dari 14 taman umum / hutan tanaman di Inggris utara. Analisis bioinformatik mengungkapkan beberapa keterbatasan untuk menggunakan spacer transkripsi internal sebagai wilayah barcode; yaitu pelaporan positif palsu dan kecocokan spesies yang ambigu. Dengan mempertimbangkan hal ini, 35 sekuens berbeda diamplifikasi di seluruh lokasi, sesuai dengan 23 spesies Phytophthora yang diketahui serta dua belas sekuens oomycete tanpa kecocokan dengan spesies Phytophthora yang dikenal. Phytophthora pseudosyringae dan P. austrocedri, keduanya menyebabkan kerusakan serius pada pohon dan dianggap sebagai perkenalan baru ke Inggris, adalah dua spesies Phytophthora yang paling banyak terdeteksi. Tidak ada bukti bahwa spesies Phytophthora yang terdeteksi lebih terkait dengan satu jenis inang, sehat atau tidak. Studi ini telah menunjukkan di mana-mana dan keanekaragaman endemik spesies Phytophthora di lingkungan tanah yang dikelola secara luas dan ditanami luas di Inggris. Perbaikan yang disarankan untuk metodologi dan implikasi praktis dari temuan dalam hal mitigasi penyebaran dan dampak Phytophthora dibahas.

Download Jurnal Disini
Jurnal

Metabarcoding mengungkapkan keanekaragaman Phytophthora spp yang terkait dengan kayu. di tanah di taman-taman umum dan hutan rimba di Inggris