Jurnal Internasional Mantel sekuensing transkriptome Mytilus spp. dan identifikasi gen biomineralisasi yang diduga

Download Jurnal Disini

Dalam moluska, cangkang yang dikeluarkan oleh jaringan mantel selama proses biomineralisasi adalah penghalang pertama melawan pemangsa dan kerusakan mekanis. Mengubah kondisi lingkungan, seperti pengasaman laut, mempengaruhi kekuatan cangkang dan dengan demikian melindungi tubuh lunak di dalamnya. Kerang adalah bivalvia laut dengan nilai komersial dan ekologi penting di seluruh dunia. Meskipun penting ini, protein yang terlibat dalam proses biomineralisasi dan pigmentasi di Mytilus spp. tetap tidak jelas, seperti halnya taksonomi Mytilus taxa, meskipun ada banyak studi molekuler. Untuk pemahaman lebih lanjut dalam bidang-bidang ini, penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi dan membandingkan transkriptom mantel dari empat taksa kerang menggunakan urutan generasi berikutnya. Kerang mewakili empat taksa, dikumpulkan dari beberapa daerah dan RNA dari jaringan mantel diekstraksi. Sekuens RNA yang diperoleh dikumpulkan, diberi tanda dan penanda molekuler potensial, termasuk pengulangan sekuens sederhana (SSR) dan polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) diidentifikasi. Kandidat contigs terkait dengan proses biomineralisasi dan pigmentasi kemudian dipilih dan beberapa transkrip dipilih untuk analisis filogenetik dari kelas Bivalvia. Perbandingan transkriptome antara Mytilus taxa, termasuk analisis pengayaan gen ontologi (GO) dan identifikasi orthologues dilakukan. Dari kumpulan yang dirakit, 46,57%, 37,28% dan 17,53% dianotasi menggunakan masing-masing database NCBI NR, GO dan Kyoto Encyclopedia of Genes dan Genomes. Potensial SSR (483) dan SNP (1.497) diidentifikasi. Hasil menunjukkan total 1.292 contigs yang diduga terlibat dalam biomineralisasi dan melanogenesis. Analisis filogenetik α-karbonat anhidrase, kitinase dan tirosinase mengungkapkan sejarah evolusi yang kompleks dan keragaman gen-gen ini, yang mungkin merupakan hasil dari peristiwa duplikasi atau adaptasi ke lingkungan yang berbeda di kerang dan bivalvia lainnya. Analisis pengayaan mengungkapkan istilah GO terkait dengan pH dan respons termal di Mytilus edulis dari Laut Utara dan M. galloprovincialis dari Laut Mediterania. Analisis filogenetik dalam genus Mytilus mengungkapkan M. californianus dan M. coruscus secara genetik lebih jauh dari taksa lainnya: M. trossulus, M. edulis, M. chilensis dan M. galloprovincialis. Karya ini merupakan perbandingan transkriptom mantel pertama antara Mytilus taxa dan menyediakan contatives yang diduga terlibat dalam biomineralisasi.

Download Jurnal Disini
Jurnal

Mantel sekuensing transkriptome Mytilus spp. dan identifikasi gen biomineralisasi yang diduga

Leave a reply "Jurnal Internasional Mantel sekuensing transkriptome Mytilus spp. dan identifikasi gen biomineralisasi yang diduga"

Author: 
    author