Jurnal Internasional Langkah pertama menuju mitokondria pan-genomik: Analisis rinci mitogenoma fusarium graminearum

Download Jurnal Disini

Ada pergeseran bertahap dari merepresentasikan genom spesies oleh urutan genom referensi tunggal ke representasi pan-genom. Pan-genom adalah representasi abstrak dari genom dari semua strain yang ada di populasi atau spesies. Dalam penelitian ini, kami menggunakan pendekatan pan-genomik untuk menganalisis keragaman genom mitokondria intraspecifik dari Fusarium graminearum. Kami menyajikan genom mitokondria referensi yang ditingkatkan untuk F. graminearum dengan penjelasan intron-exon yang diverifikasi menggunakan data RNA-seq. Masing-masing dari 24 isolat yang diteliti memiliki urutan mitokondria yang berbeda. Variasi panjang dalam mitogenome F. graminearum ditemukan sebagian besar karena variasi daerah intron (99,98%). Panjang mitogenome “intronless” ditemukan cukup stabil dan bisa informatif ketika membandingkan spesies. Daerah pengkodean menunjukkan konservasi tinggi, sementara variabilitas wilayah intergenik adalah yang tertinggi. Namun, bagian variabel yang paling penting adalah daerah intron, karena mereka mengandung sekitar setengah dari situs variabel, membentuk lebih dari setengah mitogenome, dan menunjukkan variasi kehadiran / ketiadaan. Selanjutnya, analisis kami menunjukkan bahwa mitogenome F. graminearum adalah rekombinan, seperti yang ditunjukkan sebelumnya pada F. oxysporum, menunjukkan bahwa rekombinasi mitogenome adalah fenomena umum di Fusarium. Mayoritas intron mitokondria di F. graminearum milik grup I intron, yang berhubungan dengan gen endonuklease homing (HEGs). Intron mitokondria yang mengandung gen HE dapat menyebar dalam populasi melalui homing, di mana endonuklease mengenali dan memotong situs pengenalan pada gen target. Setelah pembelahan gen “host”, ia digantikan oleh salinan gen yang mengandung intron dengan HEG. Kami mengusulkan untuk menggunakan intron yang unik untuk populasi untuk melacak penyebaran populasi yang diberikan, karena intron dapat menyebar melalui warisan vertikal, rekombinasi serta melalui transfer horizontal. Kami menunjukkan bagaimana sekuensing galur dapat digunakan untuk menambang data mitogenome. Penggunaan sekuens dikumpulkan menawarkan solusi terukur untuk analisis populasi dan untuk studi perbandingan tingkat spesies. Penelitian ini dapat berfungsi sebagai dasar untuk studi dan representasi variabilitas genom mitokondria masa depan.

Download Jurnal Disini
Jurnal

Langkah pertama menuju mitokondria pan-genomik: Analisis rinci mitogenoma fusarium graminearum

Leave a reply "Jurnal Internasional Langkah pertama menuju mitokondria pan-genomik: Analisis rinci mitogenoma fusarium graminearum"

Author: 
    author