Jurnal Internasional JacLy: metode berbasis Jacobian untuk kesimpulan interaksi metabolik dari kovarians data metabolom steady-state

Download Jurnal Disini

Membalikkan data rekayasa metabolik untuk menyimpulkan interaksi metabolik adalah topik penelitian yang menantang. Di sini kami memperkenalkan JacLy, metode berbasis Jacobian untuk menyimpulkan interaksi metabolik dari jaringan kecil (<20 metabolit) dari kovarians data metabolom steady-state. Pendekatan ini diterapkan pada dua set data metabolik skala kecil yang berbeda. Kekuatan JacLy terletak pada penggunaan data metabolom steady-state untuk memprediksi matriks Jacobian dari sistem, yang merupakan sumber informasi tentang struktur dan karakteristik dinamis dari sistem. Selain keuntungannya dalam menyimpulkan interaksi yang diarahkan, keunggulannya atas inferensi jaringan berbasis korelasi sangat jelas dalam hal jumlah yang diperlukan dari ulangan dan pengaruh penggunaan pengetahuan apriori dalam penyimpulan. Selain itu, kami menunjukkan penggunaan standar deviasi dari data ulangan sebagai pendekatan yang cocok untuk besaran fluktuasi metabolit yang melekat dalam sistem.
Download Jurnal Disini
Jurnal

JacLy: metode berbasis Jacobian untuk kesimpulan interaksi metabolik dari kovarians data metabolom steady-state