Jurnal Internasional Gen, Vol. 10, Halaman 220: Menerapkan Metagenomics Genome-Resolved untuk Dekonvolusi Mikrobioma Halofilik

Download Jurnal Disini

Gen, Vol. 10, Halaman 220: Menerapkan Metagenomics Genome-Resolved untuk Dekonvolusi Mikrobioma Halofilik

Gen doi: 10.3390 / genes10030220

Penulis:
Uritskiy
DiRuggiero

Dalam beberapa dekade terakhir, studi tentang kehidupan mikroba melalui sekuens metagenomic shotgun telah dengan cepat memperluas pemahaman kita tentang komunitas mikroba lingkungan, sintetis, dan klinis. Di sini, kami meninjau bagaimana metagenomics shotgun telah memengaruhi bidang ekologi mikroba halofilik, termasuk rekonstruksi potensial fungsional, interaksi host, seleksi jalur, penyebaran regangan, penyebaran genom, dan penemuan genom baru. Namun, masih ada jebakan dan keterbatasan dari analisis metagenomik konvensional yang diterapkan pada komunitas mikroba halofilik. Dekonvolusi metagenom halofilik telah sulit karena kandungan G + C yang tinggi dari mikrobioma ini dan keanekaragaman intraspesifiknya yang tinggi, yang telah membuat perakitan metagenomik dan menangkal tantangan. Halophiles juga kurang terwakili dalam database genom publik, yang pada gilirannya memperlambat kemajuan. Dengan mengingat hal ini, tinjauan ini mengusulkan strategi eksperimental dan analitis untuk mengatasi tantangan spesifik untuk microbiome halofilik, dari desain eksperimental untuk akuisisi data dan analisis komputasi dari sekuens metagenomik. Akhirnya, kami berspekulasi tentang aplikasi potensial dari teknologi sequencing generasi berikutnya di komunitas halofilik. Sekuensing RNA, teknologi yang telah lama dibaca, dan uji konformasi kromosom, yang pada awalnya tidak dimaksudkan untuk mikrobioma, menjadi tersedia dalam studi komunitas mikroba. Bersama dengan kemajuan analitis baru-baru ini, metode dan teknologi baru ini memiliki potensi untuk memajukan bidang penelitian halofil dengan cepat.

Download Jurnal Disini
Jurnal

Gen, Vol. 10, Halaman 220: Menerapkan Metagenomics Genome-Resolved untuk Dekonvolusi Mikrobioma Halofilik