Jurnal Internasional Efek sinergis dari rangkaian dalam filogenomik: kasus di Pantoea

No view

Download Jurnal Disini

Dengan meningkatnya ketersediaan sekuens genom untuk bakteri, sudah menjadi praktik rutin untuk membangun filogeni berbasis genom. Phylogenies ini telah membentuk dasar untuk berbagai keputusan taksonomi, terutama untuk menyelesaikan hubungan bermasalah antara taksa. Terlepas dari popularitas gabungan gen bersama untuk mendapatkan filogeni yang didukung dengan baik, berbagai masalah mengenai pendekatan bukti gabungan ini telah diangkat. Ini termasuk pengenalan kesalahan filogenetik ke dalam dataset, serta ketidaksesuaian karena proses evolusi tingkat organisme, khususnya transfer gen horizontal dan penyortiran garis keturunan yang tidak lengkap. Karena efek besar yang dapat terjadi pada filogeni, kami mengevaluasi dampak konflik filogenetik yang disebabkan oleh proses evolusi tingkat organisme pada filogeni spesies yang ditetapkan untuk Pantoea, anggota Enterobacterales. Kami mengeksplorasi keberadaan dan distribusi konflik filogenetik pada partisi gen dan level nukleotida, dengan mengidentifikasi peristiwa rekombinasi antar garis keturunan yang diduga telah berkontribusi pada konflik tersebut. Lebih lanjut, kami menentukan apakah dataset yang lebih kecil dan dibangun secara acak memiliki sinyal yang cukup untuk merekonstruksi hipotesis pohon spesies saat ini atau apakah mereka akan dibayangi oleh ketidaksesuaian filogenetik. Kami menemukan bahwa tidak ada pohon gen individu yang sepenuhnya kongruen dengan spesies filogeni Pantoea, meskipun banyak dari node yang diharapkan didukung oleh berbagai gen individu di seluruh genom. Bukti rekombinasi ditemukan di semua garis keturunan di Pantoea, dan memberikan dukungan untuk proses evolusi tingkat organisme sebagai sumber potensial konflik filogenetik. Sinyal filogenetik dari setidaknya 70 gen acak memulihkan filogeni yang kuat dan didukung dengan baik untuk tulang punggung dan sebagian besar hubungan spesies Pantoea, dan tidak terpengaruh oleh konflik filogenetik dalam dataset. Selain itu, meskipun memberikan resolusi terbatas di antara taksa pada tingkat pohon gen tunggal, analisis gabungan gen yang diidentifikasi tidak memiliki sinyal menghasilkan filogeni yang menyerupai spesies filogeni Pantoea. Distribusi sinyal dan kebisingan ini di seluruh genom menghadirkan situasi ideal untuk inferensi filogenetik, karena topologi dari ≥70-gen yang disatukan spesies filogeni tidak digerakkan oleh gen tunggal, dan data kami menunjukkan bahwa temuan ini juga berlaku untuk set data yang lebih kecil . Dengan demikian, kami berpendapat bahwa, dengan menggunakan pendekatan berbasis concatenation dalam filogenomik, seseorang dapat memperoleh filogeni yang kuat karena efek sinergis dari sinyal gabungan yang diperoleh dari banyak gen.

Download Jurnal Disini
Jurnal

Efek sinergis dari rangkaian dalam filogenomik: kasus di Pantoea