Jurnal Internasional cRegions — alat untuk mendeteksi elemen cis yang dikonservasi dalam penyelarasan sekuens ganda dari urutan pengkodean yang berbeda

Download Jurnal Disini

Mengidentifikasi unsur-unsur cis-bertindak dan memahami mekanisme pengaturan gen sangat penting untuk memahami biologi molekuler suatu organisme. Secara umum, sulit untuk mengidentifikasi elemen-elemen cis-acting yang sebelumnya tidak ditandai dengan urutan konsensus yang tidak diketahui. Tugas ini terutama bermasalah dengan virus yang mengandung daerah terbatas atau tidak ada kesamaan dengan urutan yang sebelumnya ditandai. Untungnya, peningkatan cepat dalam jumlah genom berurutan memungkinkan kita untuk mendeteksi beberapa elemen cis yang sulit dipahami ini. Dalam karya ini, kami memperkenalkan alat berbasis web yang disebut cRegions. Itu dikembangkan untuk mengidentifikasi daerah dalam urutan pengkodean protein di mana konservasi dalam urutan asam amino disebabkan oleh konservasi dalam urutan nukleotida. CRegion dapat menjadi langkah pertama dalam menemukan urutan cis-acting novel dari gen penyandi protein yang berbeda. Hasil dapat digunakan sebagai dasar untuk analisis eksperimental di masa depan. Kami menerapkan cRegion pada poliprotein non-struktural dan struktural dari alphavirus sebagai contoh dan berhasil mendeteksi semua elemen cis-acting yang dikenal. Dalam publikasi ini dan dalam karya sebelumnya, kami telah menunjukkan bahwa cRegion mampu mendeteksi berbagai elemen fungsional dalam virus DNA dan RNA. Elemen-elemen fungsional ini termasuk situs sambatan, loop batang, bingkai bacaan yang tumpang tindih, promotor internal, sinyal frameshifting ribosom dan elemen tertanam lainnya dengan fungsi yang belum diketahui. Alat web cRegions tersedia di http://bioinfo.ut.ee/cRegions/.

Download Jurnal Disini
Jurnal

cRegions — alat untuk mendeteksi elemen cis yang dikonservasi dalam penyelarasan sekuens ganda dari urutan pengkodean yang berbeda