Jurnal Internasional BCD Beam Search: mempertimbangkan solusi parsial suboptimal di Supertrees Bad Clade Deletion

Download Jurnal Disini

Metode Supertree memungkinkan rekonstruksi filogeni besar. Masalah supertree dapat diformalkan dengan cara yang berbeda untuk mengatasi informasi yang bertentangan dalam input. Beberapa metode supertree didasarkan pada pengkodean pohon input dalam matriks; metode lain mencoba mencari potongan minimum dalam beberapa grafik. Baru-baru ini, kami memperkenalkan Supertrees Bad Clade Deletion (BCD) yang menggabungkan perhitungan berbasis grafik dari pemotongan minimum dengan mengoptimalkan fungsi obyektif global pada representasi matriks dari pohon input. Metode supertree BCD telah menjamin waktu operasi polinomial dan sangat cepat dalam prakteknya. Kualitas supertrees direkonstruksi lebih unggul daripada representasi matriks dengan parsimony (MRP) dan biasanya setara dengan SuperFine untuk data simulasi; tetapi khususnya untuk data biologis, kualitas supertrees BCD tidak dapat bersaing dengan supertrees SuperFine. Di sini, kami menyajikan ekstensi pencarian berkas untuk algoritme BCD yang mempertahankan sejumlah solusi parsial konstan dalam setiap fase iterasi top-down. Waktu terburuk yang dijamin dari algoritma baru masih polinomial dalam ukuran input. Kami menyajikan subrutin acak dan acak untuk menghasilkan solusi sebagian suboptimal. Kedua pencarian balok pendekatan secara konsisten meningkatkan kualitas supertree pada semua dataset dievaluasi ketika menjaga 25 solusi suboptimal hidup. Kualitas supertree dari algoritma BCD Beam Search setara dengan MRP dan SuperFine bahkan untuk data biologis. Ini adalah kinerja terbaik dari algoritma supertree polinomial-waktu yang dilaporkan sejauh ini.

Download Jurnal Disini
Jurnal

BCD Beam Search: mempertimbangkan solusi parsial suboptimal di Supertrees Bad Clade Deletion

Leave a reply "Jurnal Internasional BCD Beam Search: mempertimbangkan solusi parsial suboptimal di Supertrees Bad Clade Deletion"

Author: 
    author